W uprawach ekologicznych nie stosuje się chemicznych środków ochrony roślin ani sztucznych nawozów, co sprawia, że powszechnie uważa się te produkty za „zdrowsze”.  Niestety, niewłaściwe stosowanie nawozów takich jak np. obornik, może prowadzić do skażeń mikrobiologicznych groźnymi dla zdrowia mikroorganizmami takimi jak np. Escherichia coli, Salmonella sp., czy Listeria monocytogenes.

Przez cztery lata dr Magdalena Szczech, dr Beata Kowalska oraz dr Urszula Smolińska badały – na obecność drożdży i pleśni, bakterii ogółem, bakterii z rodziny Enterobacteriaceae, Enterococcus, bakterii z grupy coli, E. coli, a także Salmonella oraz L. monocytogenes – próbki warzyw pochodzących z certyfikowanych gospodarstw ekologicznych oraz produkcji konwencjonalnych z tego samego rejonu. W obu systemach produkcji liczebności większości z poszukiwanych mikroorganizmów nie przekraczały norm. Wyższa była tylko liczebność E. coli wyizolowanych z prób warzyw ekologicznych, oraz częstotliwość ich występowania – znaleziono je w około 40% gospodarstw.

Według wstępnej analizy wyników badań, większa liczebność bakterii E. coli na warzywach ekologicznych może wynikać ze złego stosowania nawożenia organicznego. Niewłaściwie przekompostowane nawozy, takie jak np. obornik, lub nieodpowiednie terminy ich stosowania, mogą być źródłem skażeń mikrobiologicznych plonów. Z przeprowadzonych badań wynika, że konieczne jest opracowanie wskazówek oraz prowadzenie szkoleń dla producentów na temat zagrożeń związanych z możliwością wystąpienia skażeń mikrobiologicznych produktów roślinnych, a także na temat jakości materiałów organicznych używanych do nawożenia gleby lub do zasilania roślin.