W glebie zachodzi wiele wzajemnych interakcji na linii: mikrobiom – roślina, mikrobiom – patogen, mikrobiom – czynniki chemiczne (nawozy, środki ochrony roślin, pH), mikrobiom – czynniki abiotyczne (temperatura, opady, wilgotność powietrza, typ gleb, rodzaj uprawy). Na niektóre z tych elementów nie mamy wpływu, ale ważna jest ocena, czy nowy element będzie sprzyjał, lub nie, budowie prawidłowego mikrobiomu gleby. Ponadto, każdy zabieg w postaci ś.o.r., nawożenia, czy nawet zabieg agrotechniczny wpływa na mikrobiom gleby. Schemat tych zależności przedstawia poniższy diagram.

W przypadku uprawy kluczowy jest skład mikrobiomu. Obecnie mamy dostępne narzędzia do sprawdzenia stanu mikrobiomu gleby, jego stymulacji, a nawet sprawdzenia efektywności biostymulacji. Większe znaczenie dla uprawy ma obecność grzybów niż bakterii. Wynika to w dużej mierze z faktu szerszego zakresu pH, które tolerują grzyby. Określenie gatunków najliczniej zasiedlających daną glebę wraz z ich udziałem procentowym w próbce pozwala określić stopień „zmęczenia” gleby oraz potencjał supresyjny. Potencjał supresyjny gleby to jej zdolność do tworzenia niekorzystnych warunków do rozwoju patogenów wywołujących choroby oraz wspomaganie roślin w rozwoju.