Do infekcji najszybciej dochodzi, gdy w pomieszczeniach uprawnych panuje bardzo wysoka względna wilgotność powietrza (97-98%), temperatura 14-15°C. Sprzyjające warunki panują też przy zbyt dużym zagęszczeniu roślin. Podstawowe znaczenie w zapobieganiu infekcjom ma utrzymywanie niskiej wilgotności powietrza i niedopuszczanie do skraplania się pary wodnej na roślinach. Aby zmniejszyć wilgotność w pomieszczeniach uprawnych najlepiej jest ogrzewać je przy lekko uchylonych wietrznikach szczególnie podczas chłodnych nocy, gdy temperatura spada poniżej 15°C.

Zarodniki grzyba Botrytis cinerea przenoszone są przez wiatr i krople wody. Wnikają do rośliny najczęściej w miejscach uszkodzenia tkanek. Bardzo istotną rolę w zapobieganiu szarej pleśni pełnią odpowiednie warunki w trakcie pracach pielęgnacyjnych, głównie podczas usuwania liści i pozostałości gron (szypuł). Zabiegi te powinno się wykonywać w warunkach niskiej wilgotności mat i powietrza oraz podczas słonecznej pogody. Ogonki liściowe należy obrywać (obcinać) tuż przy łodydze – rana po liś­ciu powinna pozostać w miarę gładka. Po zabiegu usuwania liści dobrze jest podsuszyć rany na pędzie podnosząc temperaturę rury wegetacyjnej. Stosowanie preparatów grzybobójczych bezpośrednio po pracach pielęgnacyjnych i po zbiorach zabezpiecza zranienia przed infekcją. Dodatkowo można posmarować je pastą ScaniavitalSilica, która mechanicznie zasklepia zranienia, co uniemożliwia infekcję.

W okresach sprzyjających rozwojowi choroby lub po zauważeniu pierwszych objawów na roślinach należy opryskiwać je środkami grzybobójczymi. Aby nie dopuścić do uodpornienia się patogenu na substancję aktywną preparaty należy stosować przemiennie (z różnych grup chemicznych), co 7-10 dni. W okresie wzrostu i rozwoju roślin do zwalczania szarej pleśni w uprawie pomidorów pod osłonami zarejestrowane są (stan prawny na 8.07.2016 r.) fungicydy:

– Amistar Opti 480 SC, Arastar Duo 480 SC, Arastar Twin 480 SC (zalecane stężenie 0,2-0,25% ; okres karencji  3 dni),

– Curzate Cu 49,5 WP (zalecane stężenie 0,4%; okres karencji 7 dni),

– Dymas, Grisu 500 SC, Rovral Aquaflo 500 SC (zalecane stężenie 0,1%; okres karencji 3 dni),

– Prolectus 50 WG (zalecane stężenie 0,8-0,12%; okres karencji 1 dzień),

– Signum 33 WG, Vima-Boskastrobina (zalecane stężenie 0,2%; okres karencji 3 dni),

– Switch 62,5 WG (zalecane stężenie 0,1%; okres karencji 3 dni)

– Tanos 50 WG,  Twist 50 WG (zalecane stężenie 0,05%;  okres karencji 4 dni)

– Topsin M 500 SC  (zalecane stężenie 0,15%;  okres karencji 3 dni) .

Ze środków biologicznych polecane jest Polyversum WP (stosowane do podlewania roślin w zalecanym stężeniu 0,1%; okres karencji -nd) oraz Serenado ASO (Bacillus subtilis szczep QST 713).

Ograniczeniu występowania choroby sprzyja właściwe odżywianie pomidorów azotem oraz dobre zaopatrzenie roślin w wapń i potas. Zbyt duża ilość azotu i zbyt mała ilość wapnia i potasu w pożywce zwiększa podatność pomidorów na szarą pleśń.

Odporność roślin na warunki stresowe (wywołane np. działaniem patogenów) zwiększać mogą stymulatory wzrostu. Pomagają one roślinom szybko „powrócić do formy” po przebytej chorobie. W uprawie pomidorów zalecane są:

–  wyciągi z alg i wodorostów morskich, np. Bio-algeen S 90, Goemar Goteo.

–  preparaty mikrobiologiczne zawierające żywe mikroorganizmy – Polyversum WP (Pythium oligandrum), Trianum P (zawiera Trichoderma harzianum T-22), Trifender WP (zawiera Trichoderma asperellum).